AuToFF 用户手册

AuToFF软件简介

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用户指导

• 分子动力学模拟(MD)
  • 分子动力学模拟(MD)
    • MD模拟的统计力学基础
    • 分子内和分子间相互作用
    • 分子间相互作用模型
    • MD模拟的积分算法
  • 分子力场类型
    • GAFF
    • AMBER
    • CVFF
    • OPLS
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    • GROMOS-53A5 and 53A6
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  • 分子动力学模拟软件
    • LAMMPS
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• 快速入门
  • 全原子力场
    • 创建分子结构
    • 根据力场选择原子类型
    • 生成拓扑文件
  • 联合原子力场
  • 离子液体
  • 碳材料
  • 金属/共轭有机框架
  • 晶体材料
  • 聚合物建模
    • 均聚物
    • 嵌段共聚物
    • 无规共聚物
    • 2D建模
  • 生物大分子
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  • 粗粒化力场
  • QM/MM建模
• 应用案例
  • 锂离子电池离子液体电解质体系的MD模拟
    • 力场辅助工具-AuToFF
      • 确定起始构型
      • 选用适当力场和模拟软件
      • 生成拓扑文件
    • 模拟体系建模
      • 构建体系
      • 构建拓扑文件
    • MD模拟
      • 能量最小化
      • MD平衡过程
      • MD采样过程
    • MD结果分析
      • 模拟平衡结构快照图
      • 径向分布函数（RDF）
      • 均方位移(MSD)和扩散系数
  • 锂离子电池聚合物电解质体系的MD模拟
    • 力场辅助工具-AuToFF
      • 确定起始构型
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    • MD结果分析
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      • 径向分布函数（RDF）
      • 均方位移(MSD)和扩散系数
  • 冰块融化的MD模拟及TIP4P/ICE水模型使用
    • 力场辅助工具-AuToFF
      • 确定起始构型
      • 选择力场
      • 生成拓扑文件
    • MD模拟
    • MD结果分析
  • 正辛醇和水相分离的MD模拟
    • 力场辅助工具-AuToFF
      • 确定起始构型
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      • 生成拓扑文件
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      • 构建体系
      • 构建拓扑文件
    • MD模拟
    • MD结果分析
  • 黏度计算-AuToFF生成LAMMPS的力场拓扑data文件
    • 力场辅助工具-AuToFF
      • 确定起始构型
      • 选用适当力场和模拟软件
      • 生成拓扑文件
    • 模拟体系建模
      • 构建体系-Packmol
      • 构建力场拓扑文件-Moltemplate
    • MD模拟-LAMMPS
    • MD结果分析
      • 黏度分析
  • 沸石分子筛吸附 \(\ce{CH_4}\) 气体的饱和吸附曲线GCMC模拟
    • 力场辅助工具-AuToFF
      • 确定起始构型
      • 根据力场选择原子类型
      • 生成拓扑文件
    • GCMC模拟-RASPA
      • simulation.input 输入文件
      • structure-name.cif 结构文件
      • pseudo_atoms.def 结构文件
      • force_field_mxing_rules.def 力场文件
      • Framework.def 文件
      • molecules.def 分子文件
    • 结果分析
  • RASPA计算孔隙率
    • 力场辅助工具-AuToFF
      • 确定起始构型
      • 根据力场选择原子类型
      • 生成拓扑文件
    • MC模拟-RASPA
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      • force_field_mxing_rules.def 力场文件
      • Framework.def 文件
      • molecules.def 分子文件
    • 结果分析
  • 沸石分子筛的甲烷/氢气吸附选择性模拟
    • 力场辅助工具-AuToFF
      • 确定起始构型
      • 根据力场选择原子类型
      • 生成拓扑文件
    • GCMC模拟-RASPA
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      • force_field_mxing_rules.def 力场文件
      • Framework.def 文件
      • molecules.def 分子文件
    • 结果分析

杂项

• 常见问题
  • 上传文件无显示？
  • 识别完原子类型之后，无法点击下一步操作？
  • 体系总电荷不为零？
  • 导入优化后的分子结构进行力场参数生成，可以不改变键长，键角参数吗？
  • 力场参数检索方式的模糊和精确按钮如何区分？
  • 可以修改力场吗？
  • 是否支持力场参数的拟合？
  • CgenFF力场没有像官方那样提供电荷？
  • 聚合物建模如何实现自定义单体
  • 如何创建交联聚合物结构？
  • 随机生成的聚合物出现原子重叠怎么办？
• 引用说明
• 参考文献